Las colecciones del Museo Arqueológico se encuentran conformadas por muestras representativas de la arqueología, la geología y la etnografía de Venezuela y el mundo. Se han logrado por medio de las investigaciones, donaciones y custodia de piezas de entes gubernamentales y personas naturales.
La colección arqueológica está representada por piezas completas y fragmentos provenientes de donaciones, custodia, préstamos y de investigación de diversas regiones de Venezuela como: Barinas, Lara, Monagas, Falcón, Bolívar, Zulia, Trujillo y Mérida.
La colección geológica está conformada fundamentalmente por la colección del Sr. Emilio Menotti Spósito donada a la Universidad de Los Andes y otras donaciones hechas por diversas personas e instituciones. La colección consta de rocas, minerales y fósiles, provenientes de todas partes del mundo.
La colección etnográfica está conformada por diversas piezas provenientes de la Cordillera de Mérida, Amazonas y de la comunidad yu’pa de la Sierra de Perijá, Edo. Zulia.
La antropóloga Jacqueline Clarac, es profesora del Departamento de Antropología y Sociología de la Escuela de Historia de la Universidad de Los Andes. Fomentó la creación de grupos de Investigación y de extensión como el Museo Arqueológico.
